Durante los siglos 17 y 18 la iglesia católica había cumplido un papel fundamental en la vida musical de las sociedades tanto en Europa como en el Nuevo Reino de Granada. Las catedrales empleaban compositores, directores y músicos para la liturgia y muchos de los compositores de renombre, como Juan de Herrera o Johann Sebastian Bach , eran músicos de iglesia.

Muchos de los desarrollos técnicos, como la polifonía , también fueron el resultado del papel central que tenía la música para el catolicismo. Aunque la música doméstica siempre estuvo presente en los hogares europeos y americanos, es probable que para la mayoría del pueblo la iglesia fuera el único lugar en el que podían reunirse a escuchar grandes obras musicales.

Hacia finales del siglo 18, con la aparición de los teatros, conciertos públicos y las sociedades musicales, la iglesia cedió su importancia a otro tipo de espacios que permitían diferentes tipos de música tanto en Europa como en Colombia. Durante el periodo republicano en Colombia, el papel de la Iglesia en la sociedad también cambió radicalmente. Durante las guerras de Independencia, los revolucionarios buscaron limitar el poder de la iglesia en la sociedad, retomar las tierras improductivas que ésta poseía, y dejar de cobrar los diezmos. 

Como consecuencia, la catedral de Bogotá se vio forzada a reducir sus actividades y dejó de contratar músicos de renombre como Juan de Herrera o José Cascante, activos durante el período barroco, lo que llevó a un período que algunos críticos llaman “de decadencia”. Durante la mayor parte del siglo 19 en las iglesias se interpretaba el mismo repertorio que se había empleado desde el barroco.

También era frecuente, hasta muy entrado el siglo 20, que se incorporaran arias de ópera y danzas, desde el vals hasta el fox-trot, a pesar de que existía una rígida regulación por parte de la Iglesia sobre el repertorio, como lo recordaron varios críticos en diferentes momentos.

A pesar de que la iglesia perdió su papel central en la vida musical de la república, algunos compositores colombianos continuaron componiendo música religiosa, a pesar de no estar asociados directamente con la Catedral, entre ellos el compositor romántico Julio Quevedo Arvelo , José María Ponce de León , y Jose Joaquín Guarín , quien fundó la Sociedad Lírica en 1848. En 1881 el compositor Santos Quijano retomó el cargo de maestro de capilla.