Durante la colonia, los españoles crearon dos tipos de poblaciones: las ciudades, habitadas por blancos y mestizos, y los pueblos indígenas o “repúblicas de indios” como Fontibón y Cajicá. Los indígenas, aunque a menudo vivían en las ciudades, eran relegados a los pueblos cerca de las tierras de cultivo en las que eran forzados a trabajar. 

Así mismo, sus tradiciones musicales, canciones, bailes y fiestas fueron fuertemente reprimidas, aunque los indígenas encontraron formas de resistencia para preservarlas en reuniones y rituales secretos. Por otro lado, a los españoles también les interesaba convertir a los indígenas a la religión católica, y para este fin crearon varias instituciones y figuras, como los “doctrineros”, para convertirlos y cambiar sus costumbres empleando todos los medios posibles, incluyendo la música, dada su importancia para la celebración Católica. 

En Fontibón, con la llegada del padre José Dadey en 1604, los jesuitas instalaron un órgano y en Cajicá crearon la primera escuela de música. Allí, los indígenas aprendían solfeo, cantaban e interpretaban flautas, violines, chirimías, y otros instrumentos musicales como parte de las festividades religiosas. Los conjuntos de ministriles o chirimías indígenas eran muy apreciados en Santa Fé, donde los contrataban para fiestas y procesiones en iglesias, conventos y colegios. 

Las reducciones jesuitas—pueblos misioneros en lugares remotos—en Meta, Casanare y otros lugares de América Latina, como Chiquitos y Moxos (Bolivia) y en el territorio Guaraní (Paraguay, Argentina y Brasil) fueron también centros importantes de producción musical: en Bolivia, por ejemplo, se encontró una misa escrita hacia 1740 en el lenguaje indígena de Chiquitos, titulada San Francisco Xavier.