Durante las guerras de Independencia y las guerras civiles a comienzos del siglo 19 el desarrollo de las orquestas y el trabajo de los compositores necesariamente se redujo; los revolucionarios también intervinieron las operaciones económicas de la Catedral, por lo que la iglesia tuvo que reducir su producción musical y dejar de contratar músicos de renombre como se hacía anteriormente. 

En lugar de estas orquestas tradicionales, las bandas militares que acompañaban los ejércitos y tocaban contradanzas, bambucos y bundes en calles y plazas tomaron más importancia. Durante el periodo de las guerras de independencia y las guerras civiles hubo un auge de música de carácter nacionalista.

La canción patriótica es un género popular de canciones con letras alusivas a las guerras y sus héroes, especialmente Bolívar; este repertorio también influyó en el desarrollo de la música de bandas como en el caso de las famosas contradanzas “La Vencedora” y “La Libertadora” que tenían un carácter anti-español debido a su origen inglés (“country dance”). Además de la música militar, las bandas  interpretaban minuetos y valses en las danzas de sociedad.

Tras la disolución de la Gran Colombia en 1830, el país asumió el nombre de la República de la Nueva Granada. La década de 1840 fue un periodo de desarrollo y apertura política y económica, especialmente durante la presidencia de Tomás Cipriano de Mosquera. Durante este periodo se establecieron en el país músicos extranjeros como los venezolanos Juan Antonio de Velasco, Nicolás Quevedo Rachadell, quien fue también coronel del ejército libertador, y el inglés Henry Price. 

Estos músicos comenzaron a ofrecer conciertos con obras de compositores como Haydn, Mozart, Beethoven, Pergolesi y Rossini. Velasco ofrecía conciertos privados y daba clases de música, mientras que Rachadell y Price crearon la Sociedad Filarmónica en 1946, una de las primeras instituciones dedicadas enteramente a la música sinfónica en el país.

Las sociedades de conciertos estaban inspiradas, a su vez, en modelos europeos que agrupaban empresarios, compositores y músicos para ofrecer temporadas de conciertos por suscripción. La Sociedad Filarmónica, a su vez, hizo posible la creación de la Academia Nacional de Música en 1882, que más adelante se convertiría en el Conservatorio Nacional.

En 1848 ocurrieron nuevas revoluciones en Europa, motivadas por la industrialización, el crecimiento de las ciudades y los escritos de Karl Marx y Friedrich Engels. Esta vez, las revoluciones estaban orientadas hacia la emancipación de las clases trabajadoras y mostraban más conciencia social que las revoluciones de comienzos de siglo, e inspiraron a su vez movimientos nacionalistas en Europa y en la República de la Nueva Granada.

La expansión de las reformas de carácter social en Europa llevó a la consolidación en la Nueva Granada del partido liberal, que abogaba por la abolición de la esclavitud, la separación entre la Iglesia y el Estado y la expansión de los derechos civiles y otros proyectos progresistas por un lado, y por el otro el partido conservador, que se oponía a las reformas sociales del liberalismo.

La segunda mitad del siglo 19 estuvo marcada por guerras civiles entre centralistas y federalistas y más tarde entre liberales y conservadores. Las frecuentes guerras civiles ponían en dificultades los esfuerzos por establecer instituciones musicales permanentes. La Sociedad Filarmónica, por ejemplo, dejó de funcionar en 1857 durante un periodo de gran inestabilidad política. El país experimentó una gran transformación económica, política y social al mando de los liberales durante la llamada “revolución del medio siglo” (1847-1858) y durante el periodo de los Estados Unidos de Colombia. 

Fue durante este periodo que se establecieron las primeras universidades públicas y no confesionales; para finales del siglo, cerca del 30% de los hombres y mujeres (un poco menos) recibían educación primaria y aprendían a leer y escribir. La economía creció gracias la ampliación del comercio internacional y el crecimiento en exportaciones de oro, café y otros productos agrícolas, que benefició a todos los sectores, sobre todo a comerciantes y a empresarios rurales. También se comenzaron a importar productos del extranjero, incluyendo instrumentos musicales como pianos y otros objetos empleados por las clases media y alta para afirmar su posición social. 

Durante este periodo se imprimieron las primeras partituras en el país y empezaron a publicarse gacetas y otros boletines con fines políticos interesados en formar la “opinión pública”, seguidos por folletos y publicaciones periódicas para especialistas y otras para aficionados dirigidas especialmente al público femenino, que contenían novelas, poemas y partituras para piano que tenían como función la “educación sentimental” de todas las clases sociales. 

Esta tendencia continuó durante el periodo de relativa estabilidad (interrumpido por la Guerra de los Mil Días) que siguió con la llegada al poder de los conservadores en 1886 quienes fortalecieron de nuevo la iglesia y continuaron con la expansión económica.