La música fue un elemento central para la iglesia católica desde sus comienzos. La iglesia fue la institución que más se esforzó por crear espacios para la música, contratar músicos y enseñar música durante el barroco y el periodo colonial. De todos los espacios en donde se podía escuchar y ejecutar música durante la colonia, los más importantes eran espacios religiosos: iglesias, conventos y colegios de Jesuitas. Dado el control político y social de la iglesia católica y la importancia que ésta le daba a la música como parte de su ritual y como herramienta de conversión, la mayoría de la música que se conserva hoy del periodo colonial es música religiosa. 

En la Nueva Granada el espacio más importante era la Catedral de Santa Fé, la cual contaba con un músico a cargo de la composición de nuevas obras y dirección musical (el chantre) y sus asistente quienes se encargaba de la educación musical y dirección del coro (sochantres y capellanes). Los más notables de estos músicos durante la colonia fueron José Cascante (c. 1615-1703) y Juan de Herrera (1665-1738) quien quizás fue alumno de Cascante.

Además, la catedral contaba con un coro profesional, a cargo de la música polifónica dirigida por el Maestro de Capilla y un grupo de instrumentistas llamados ministriles; estas fueron nuestras primeras orquestas, compuestas por chirimías, flautas, sacabuches, bajones y órgano. 

Durante la Ilustración, y con la llegada del violinista italiano Mateo Medici Melfi, las colonias Americanas entraron en contacto con el estilo italiano inspirado por la ópera, en el cual se utilizaban varias voces con violines y bajo continuo con órgano. En el Archivo de la Catedral todavía se conservan obras de compositores como Cascante, Herrera, y el compositor del renacimiento español Tomás Luis de Victoria (1548-1611) y muchos otros.

Durante la colonia, la música era una asignatura obligatoria para los hijos de españoles que atendían los colegios, dirigidos por Dominicos y Jesuítas (hasta su expulsión en 1767), dada su importancia para el ritual católico. La educación musical estaba a cargo de renombrados compositores y los colegios contaban con órganos y otros instrumentos que eran usados en celebraciones solemnes.

Los conventos, tanto femeninos como los de monjes, también contaban con órganos y otros instrumentos que se usaban para el oficio y en celebraciones como fiestas, procesiones y ceremonias de grados en las que confluían todos los sectores sociales, desde indígenas y artesanos hasta las autoridades eclesiásticas. En todo el mundo, los conventos fueron unos de los espacios en donde las mujeres podían aprender música, estudiar y escribir.