A comienzos del siglo 20, la primera institución de enseñanza musical profesional en Colombia, la Academia Nacional de Música, se encontraba en un periodo de transformación. La Academia suspendió sus labores en 1899 por causa de la Guerra de los Mil Dias y reabrió en 1905. En 1909, Guillermo Uribe Holguín , egresado de la Academia, volvió al país tras sus estudios de composición en Paris, fue designado como director de la institución hasta 1935, que comenzó a llamarse el Conservatorio Nacional de Música.

Uribe Holguín transformó el programa curricular del Conservatorio, alineándolo con sus planteamientos sobre la música académica y la música tradicional. Durante los últimos años del siglo 19, la Academia recibía tanto músicos interesados en el repertorio europeo como en la música tradicional y popular colombiana.

De hecho, fue a través de la Academia que Pedro Morales Pino formalizó el repertorio “nacional” de bambucos y pasillos para piano y conjuntos de cuerda pulsada como la Lira colombiana. La Academia también realizaba conciertos en los que se estrenaban con frecuencia las obras de alumnos de la institución como el compositor Santos Cifuentes. 

Con el cambio de la Academia al Conservatorio Nacional, Uribe Holguín enfocó la educación musical exclusivamenten hacia el repertorio y las técnicas europeas de acuerdo a su propia experiencia en la Schola Cantorum de Paris, buscando elevar el nivel académico de la institución y educar tanto músicos como audiencias en la apreciación del repertorio sinfónico europeo contemporáneo.

Esto implicó eliminar las músicas populares del currículo del Conservatorio y de los programas de la orquesta, decisión que causó gran malestar entre algunos egresados de la Academia y otros músicos e intelectuales interesados en la música nacional, dando comienzo a un debate sobre la música académica y la música tradicional que ocuparía la primera mitad del siglo 20.

Como parte de la reorientación del Conservatorio, y su interés por educar tanto músicos como audiencias en la apreciación de la música europea, Uribe Holguín comenzó a ofrecer numerosos conciertos públicos con la Orquesta del Conservatorio y, desde 1920, con la Sociedad de Conciertos Sinfónicos del Conservatorio, que luego se convertiría en la Orquesta Sinfónica Nacional.

El Conservatorio Nacional se integró en 1936 a la Universidad Nacional de Colombia y se comenzaron a formar profesores de música para las escuelas y los colegios del país. Durante la primera mitad del siglo 20, el Conservatorio estuvo bajo la dirección de figuras como Gustavo Santos, Antonio María Valencia, fundador y director del Conservatorio de Cali y la pianista Lucía Valencia. En 1959, Andrés Pardo Tovar fundó el Centro de Estudios Folclóricos y Musicales (Cedefim), dedicado al estudio de la música tradicional desde la antropología y la sociología. 

Al lado del Conservatorio Nacional se establecieron en Bogotá otras instituciones dedicadas a la enseñanza profesional, como la Academia Beethoven, fundada por Santos Cifuentes en 1903, que ofrecía cursos para hombres y mujeres, o la Academia Escobar Larrazábal, en la que se continuaron formando los músicos interesados en desarrollar las músicas tradicionales tras la reorganización curricular del Conservatorio.

Igualmente se fundaron conservatorios en otras ciudades del país, comenzando por los Conservatorios de Ibagué y de Cali, fundados en 1925 y 1933 respectivamente, seguidos por el Conservatorio de Medellín (1959) y los conservatorios de la Universidad del Cauca, de la Universidad del Atlántico y otros similares en Tunja, Manizales, Bucaramanga, y Cúcuta.